Бегущий в лабиринте рассказывает о захватывающем путешествии подростка Томаса, который приходит в сознание в движущемся лифте, полностью лишенный воспоминаний о своем прошлом. Единственное, что остается в его памяти - собственное имя. Он обнаруживает себя в Глэде, изолированной зеленой зоне, окруженной гигантскими каменными стенами, где обитает группа таких же подростков, сумевших создать собственное сообщество и выработать правила выживания в этом загадочном месте.
Каждые тридцать дней прибывает новый мальчик, а раз в неделю через шахту лифта поступают необходимые припасы. Но самая большая загадка - это постоянно меняющийся гигантский лабиринт, окружающий их убежище. Бегущие, самые смелые и выносливые из обитателей Глэда, ежедневно исследуют его запутанные коридоры, пытаясь найти выход, однако каждый вечер стены лабиринта сдвигаются, а ночью в его глубинах пробуждаются смертельно опасные существа - гриверы.
Когда в Глэд неожиданно прибывает первая девушка Тереза с тревожным посланием, а привычный порядок вещей начинает рушиться, Томас принимает решение, которое навсегда изменит жизнь всех обитателей этого странного мира. Вместе с другими бегущими он бросает вызов лабиринту, чтобы раскрыть тайны их заключения и найти путь к свободе.